2017年,黄彦义研究小组将通信理论中的纠错码引入了测序技术中,并使用三个正交简并序列来检测和纠正测序错误。
这种“纠错码排序技术”被称为“纠错码排序技术”。
结合了较长的读取长度和极高的准确性。
最近,该研究小组在《国家科学评论》(NSR)上发表了一篇文章。
通过计算机仿真构建的“虚拟定序器”揭示了纠错码定序技术中“异相”问题的模式和特征。
在此基础上,建立了异相校正算法,为更有效,更准确的测序技术提供了实用的解决方案。
所述“异相”的信号源包括:高通量测序的问题在过去的二十年中,下一代高通量测序技术的飞速发展极大地改变了生命科学和医学研究,并迅速进入医疗诊断领域,服务于健康行业。
当前主流的高通量测序技术大多使用“合成测序”技术。
方法,将每个要测试的DNA分子扩增为多个DNA簇,从而放大可检测的信号。
理想情况下,DNA簇中的每个分子在测序过程中都是同步的,因此通过周期性反应获得的测序信号直接反映了要测试的DNA的序列信息。
但是,在实际的测序系统中,分子永远不会完全同步。
由于反应系统中杂质引起的不完全反应或副反应,DNA簇中的每个分子将逐渐失去同步性。
当在测序过程中反映出来时,测序信号将变得混乱,并且DNA序列信息将无法直接反映出来。
。
这种现象被称为“相移”,即,相位的“相”失谐。
的分子间信号。
异相问题极大地限制了高通量测序的读取长度和准确性。
基于相似原理的每种测序方法都存在这种现象。
但是,在使用不同化学反应的不同测序方法中,异相现象的特征并不相同。
要创建一种新的测序技术,必须充分了解其移相现象,这是一个必须解决的主要问题。
为了提高测序技术的准确性,2017年,北京大学黄炎义研究小组通过三个正交简并序列,将通信理论中的纠错码引入了测序技术中。
检测并纠正排序错误。
这种纠错码排序技术具有较长的读取长度和极高的准确性。
纠错码排序也存在移相的问题。
最近,黄艳仪的研究小组在实验室中构建了一个“虚拟序列发生器”。
通过计算机仿真来研究纠错代码排序方法中异相问题的模式和规律,并探索解决方案。
研究人员发现,“单基滑移”是指“单基滑移”。
是纠错代码排序的独特异相模式。
在纠错码排序中,由杂质引起的副反应可能导致DNA分子发生额外的延伸反应,这被称为初级预反应。
如果主要的先导反应仅延伸一个碱基,则DNA分子将立即被过量的底物进一步延伸,这称为次要的先导反应。
如果一级铅延伸的碱基多于一个,则不会发生上述二级铅反应。
即,可以将发生次级提前反应的条件概括为单个基料。
研究人员使用“虚拟测序仪”探索了在不同反应条件下DNA分子的延伸规律,并发现了影响单碱基滑移的关键因素。
基于单碱基滑动的移相模式,作者还建立了移相校正算法,并证明该算法可用于校正至少500轮测序反应(对应于1000 bp的测序读取长度)。
最后,作者还将移相校正算法扩展到具有较高准确性的双色纠错码排序,并在实际排序中进行了验证。
新型异相定律“单基滑动”的发现和归纳,不仅使人们对“纠错码排序方法”有了更深刻的理解,而且对解释方式也有了更深刻的理解。
并更快,更有效地解释测序化学反应信号。
该计算提供了实用的解决方案。